在经历爱子夭折、宠妃死亡、出家不成、乳母病故后，加上天花的侵袭，顺治帝的身体彻底垮了，在罪己诏中，他以佛教徒的呕心沥血，剖析自己的14大罪过，并指出自己未能孝敬母后，“永违膝下”，又奢靡浪费，“是朕之罪”。
临死前，他最终指定曾经出过天花的皇三子玄烨继承帝位，并且遗诏让为自己剃发的?溪森和尚来主持自己的火化仪式。
对于自己遗嘱火化，顺治留言说：“祖制火浴，朕今留心禅理，须得秉炬法语。”
而在为顺治帝主持火化仪式后，?溪森回忆说，他当时在紫禁城后面的景山寿皇殿负责点火仪式，临点火前，?溪森高声大喊道：“释迦涅槃，人天齐悟。先帝火化，更进一步。寿皇殿前，官马大路。”然后，?溪森上前，“遂进炬”。
顺治帝火化后，有关顺治帝假死出家“逃禅”的传说越传越广，甚至演化出后来康熙皇帝上五台山寻找父亲的故事，而史料，则为我们留下了真实的细节。
就在顺治皇帝死后，清廷中书舍人张宸在《平圃杂记》中，记录了孝庄皇太后在儿子顺治出殡时，白发人送黑发人的悲伤欲绝：“仰见皇太后黑素袍，御（紫禁城）乾清门台基上，南面，扶石栏立，哭极哀。”
似乎很少人注意到，这位30岁就丧夫、48岁丧子的蒙古女人，日后将以怎样的坚强，支撑起一个王朝的未来。此后，孝庄将以太皇太后的身份，辅佐当时年仅7岁的孙子康熙巩固帝位，成就康熙王朝。
