苗族人防和谐民不屈不挠的反抗斗争,使明朝统治者大为震惊。明统治者除调集官兵剿杀外,还积极构建军事防御体系。宣德年间,都督肖授筑湾溪等二十四堡,“留官兵七千八百有奇”“环其地守之”,对处在湖贵川三省交界地区中心而屡屡发生苗民起义的腊尔山“生苗”区开始形成圈围之势。至嘉靖年间,总督张岳在镇防和谐压腊尔山苗民起义后,又“疏罢湾溪等堡,更设哨所凡十三”,围绕腊尔山苗区边沿,由西而东而北筑建,构成了对腊尔山地区的一个弧形防线。万历四十三年(1615年),湖广参政蔡复一“亲历边疆,度其险阻,力陈营哨罗布,苗路崎岖,难以遏其窥觑,请金四万有奇,筑沿边土墙。上自铜仁,下至保靖,迤山亘水,凡三百里”,蔡复一筑的“沿边土墙”是在肖授的“二十四堡”和张岳的“凡十有三”哨所的基础上筑建的,这就是史称的苗疆边墙,以边墙为界,划分“生苗”和“熟苗”,“边墙”之外的苗民称为“生苗”,之内的苗民称为“熟苗”。
苗疆边墙西南起自凤凰县亭子关,东北向贯穿凤凰,过乾州延至保靖县喜鹊营(现属吉首市),逶迤三百八十余里。这一神秘的建筑遗存群,是明清封建统治者对以腊尔山苗区为中心的大片“生苗”区实施军事封锁的隔离政策的产物。