墨卡托基金会集独特的科研经验与项目实践经验于一身,其内部由科学、教育和国际沟通三个事务部组成。基金会围绕着三个跨基金会事务部的中心主题展开工作。墨卡托基金会围绕着“多元融合”“气候变化”和“文化教育”这三个主题群,目标明确地进行着社会改良实践,同时,也为公共社会政治话题进行议题倡导。墨卡托基金会致力于塑造开放、团结、机遇平等的社会。它努力加强欧洲内部的凝聚力、提高青少年(特别是具移民背景的青少年)的教育、改进文化教育的质量与成效、推进气候保护并促进科学研究。作为资助型基金会,墨卡托基金会每年为许多项目伙伴单位和子机构提供项目实施经费,其额度达到六千至七千万欧元每年。
墨卡托基金会的活动范围遍及世界各地,在中国,墨卡托基金会的工作领域颇为广泛,既促进欧洲与中国基金会之间的交流,也支持德中学生及青少年双向交流,同时资助跨文化教育方面的项目。此外,墨卡托基金会也促进德国学校的中国能力建设并资助许多教育及研究机构从事对现代中国的学术研究。