尽管房玄龄忠心耿耿，但也有人对他不满，出言诬陷他。同中书门下三品宋国公萧，性格狷介，与群臣多不合。他见房玄龄深得唐太宗赏识，便心生妒恨，乘机向唐太宗进谗言说：“房玄龄与中书门下诸位大臣，朋党不忠，陛下不知详情。他们执权顽固，只是未反罢了。”
唐太宗说：“卿言太甚！人君选贤才以为股肱心膂，当推诚以待之。人不可求全责备，应舍其所短，而取其所长。朕虽不聪不明，还不至于不知善恶好坏！”
萧听了唐太宗的话，非常羞愧，内心不自安，唐太宗念其有功，不忍加罪。唐太宗对房玄龄的信任，由此可见一斑。
后来，房玄龄因微过被谴，归于府第。褚遂良上奏说：“房玄龄自义旗初建始，翼赞圣功，武德之季，冒死决策；贞观之初，选贤立政，人臣之勤，玄龄为最。今玄龄并无不赦之罪，岂可弃之！陛下如果嫌其衰老，可讽劝使之退休，不可以微小过失而弃数十年之勋臣。”
唐太宗觉得褚遂良说得有理，便有些后悔，急忙派人召回房玄龄。但很快又因一点小过失，房玄龄再次被谴，归于府第。过了一段时间，唐太宗临幸芙蓉园，房玄龄听说之后，急忙让子弟洒扫庭院，告诉他们说：“皇上的乘舆马上就会来到。”房玄龄的子弟颇为疑惑，以为他老糊涂了。就在这当儿，唐太宗果然来到房玄龄的府第，载之还宫。
