1900年，义和团运动掀起，八国联军入侵，慈禧一伙的卖国主义原形暴露无遗，章太炎受到极大震动，从维新梦中醒了起来。7月，在上海召开的“国会”上，他激烈反对改良派提出的“一面排满，一面勤王”的模糊口号，“宣言脱社，割辫与绝”。接着，树起反清的旗帜，开始向改良派展开斗争，1901年，在东京《国民报》发表《正仇满论》，尖锐批判梁启超：“梁子所悲痛者，革命耳；所悲痛于革命，而思以宪法易之者，为其圣明之主耳。”
1902年2月（正月），章太炎再次被追捕，流亡日本，初住横滨，后入东京。起初感到梁启超“专以昌明文化自任，中山则急欲发难”，“中山欲以革命之名招之，必不可致”，从而因其“交嫌”，欲为“调和”[4]。接着，偕秦力山往谒孙中山，自称：“时中山之名已盛，其寓处在横滨，余辈常自东京至横滨，中山亦常由横滨至东京，互相往来，革命之机渐熟。”[5]“逸仙导余入中和堂，奏军乐，延义从百余人会饮，酬酢极欢。自是始定交”[6]。在孙中山的启发下，他们共同商讨“开国的典章制度”和中国的土地赋税以至建都问题，《訄书》重印本的《相宅》和《定版籍》中，就记录了他俩当时的讨论情况。章太炎还在孙中山的赞助下，准备在东京举行“支那亡国二百四十二年纪念会”，反对清朝的反动统治。当在东京为日本军警阻止，改在横滨补行纪念式时，章太炎宣读纪念辞，孙中山担任主席，“倡言各敬章先生一杯，凡七十余杯殆尽”[7]。这年，章、孙“定交”，关系很大，直到十年以后，龃龉渐深，章太炎仍追怀往事，不胜缱绻：“同盟之好，未之敢忘。昔在对阳（日本对阳馆），相知最夙，秦力山所以诏我者，其敢弃捐。”[8]
