在这部书中，李时珍指出了许多药物的真正效用，如常山可治疟疾，延胡索能够止痛。他还举了日常生活中容易中毒的例子，像用锡做盛酒器，因有毒素能溶解在酒中，久而久之，会使饮酒的人慢性中毒。他在写作中遇到难题时还跑到实地进行观察。如看到旧本草中说，穿山甲吞食蚂蚁是通过鳞甲来诱捕，他觉得奇怪，认为百闻不如一见，就捉了一只活的穿山甲，仔细观察了它的生活规律后，发现它是用舌头吃蚂蚁。他又解剖了穿山甲的胃囊，发现里面竟有蚂蚁一升之多，于是写下了这个发现。
李时珍就这样认真刻苦、一丝不苟地写下了他的巨著《本草纲目》。他在书中批判了水银“无毒”，久服“成仙”“长生”等说法，而当时皇帝大臣都信道士们的水银炼丹，所以这部著作大书商们都不敢出版，直到他死后，这部著作才于1596年与读者见面。出版后立即引起了巨大的反响，人们到处传播它，并进行翻刻，成为医生们的必备书籍。从17世纪起，《本草纲目》陆续被译成日、德、英、法、俄等五国文字。1953年出版的《中华人民共和国药典》，共收集五百三十一种现代药物和制剂，其中取自《本草纲目》中的药物和制剂就有一百种以上。
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