埃利奥特的选修制实验引起了全国的注意，也招致了许多非议。在校内，主张实行古典课程和必修制度的哈佛董事会成员反对他，甚至想把他赶下台。在校外，最大的反对势力来自耶鲁大学和普林斯顿大学。保守的、恪守传统文理学院课程模式的耶鲁校长波特（N. Porter）是反对派的代表人物。他在1871年的就职演说中，谴责选修制是“破坏共同的班级和学院生活的确凿的罪恶”，因为学生既没有成熟，也没有必要的判断能力。[32]1885年冬，普林斯顿大学校长、苏格兰神学家麦科什在纽约与埃利奥特公开争论选修制的是非曲直时，他警告说：许多教育的罪恶可能在自由的名义下出现。他主张保留相当数量的必修课，强调“任何一位学生都必须受一定的数学和古典教育，前者能够使人有基本的逻辑推理能力，后者能使人有正确的审美观点和符合社会标准的教养”。[33]还有一种观点，强调美国学院与大学教育的基本区别，认为前者属普通教育，后者属高深和专门化的教育，因此美国学院无论如何不能与德国大学相比。德国大学允许选修自由，是因为学生已经历严格的高质量的入学准备课程，而美国学院的学生在入学前缺乏这种准备，因此不能推行选修制。针对上述观点，埃利奥特为选修制进行了有力的辩护。他说，教育心理化已使美国中小学知道尊重儿童和青少年的个性，但大学却不然，必须迅速纠正大学这种落后于形势的状况；大学应当满足学生不同的兴趣和要求，要允许学生自由选课，鼓励学生独立钻研。为保证选修制行之有效，他一方面强调严格选拔新生，把好质量关；另一方面规定学生须先选修基础科目，再选修专业科目。[34]
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